В 1954 году в Московском инженерно-физическом институте (МИФИ) был создан факультет вычислительных математических устройств, в рамках которого начала свою работу кафедра № 12, изначально названная "Математические счетно-решающие приборы и устройства". Название кафедры объясняется тем, что вычислительная техника в то время представлялась исключительно устройствами электромеханического принципа действия и счетно-аналитического комплекса.

Деканом факультета был назначен профессор, доктор технических наук Маслов Евгений Никифорович.

В 1957 году факультет получил новое название — "Электронные вычислительные устройства и средства автоматики".

В годы его существования была спроектирована и создана ЭЦВМ "МИФИ" (Электронная Цифровая Вычислительная Машина). Общая организация и руководство разработкой легли на плечи Игоря Огановича Атовмяна. На этой работе выросло как в научном, так и в инженерном плане большое количество специалистов, составивших впоследствии основную команду кафедры ЭВМ, а также и факультета в целом.

Со временем кафедра № 12 была переименована в "Электронные вычислительные машины", а также была основана новая кафедра № 22 "Управляющие электронные вычислительные машины".

В 1966 г. факультет ЭВУСА разделился на две части:

• факультет "Автоматика и электроника" 
• факультет "Электронные вычислительные устройства".

На втором из них создается новая кафедра №29 "Автоматизированные системы управления", которая первая в стране начала подготовку кадров в области проектирования и эксплуатации автоматизированных систем управления. С самого начала своей деятельности приобрела своё неповторимое лицо, определявшееся научными и педагогическими интересами ее ведущих сотрудников.

В 1971 г. факультет "В" приобретает новое название - "Кибернетика". Здесь открыта кафедра №35 "Управление комплексами" и обновлена одна из старейших кафедр университета №17 "Информатика и процессы управления".

В 1975 г. кафедрой № 17 впервые в нашей стране осуществлён выпуск инженеров-системотехников по специальности «Автоматизированные системы управления (АСУ)", а в 1982 г. кафедра № 35 впервые в стране начала подготовку инженеров-разработчиков по новой специальности «Разработчик САПР».

В 1991 г. открывается еще одна кафедра №41 "Защита информации в АСУ и сетях ЭВМ". Ее возглавил Малюк Анатолий Александрович.

В 1995 году был создан новый факультет "Информационная безопасность".

В состав факультета вошли основополагающая кафедра №41 с новым названием "Защита информации" и новообразованные кафедры:

• №42 "Криптология и дискретная математика"
• №43 "Стратегические информационные исследования"
• №44 "Информационная безопасность банковских систем".

Специалисты этих кафедр активно занимаются методологией и общими принципами анализа безопасности, а также моделированием эффективных систем защиты программных и аппаратных средств.

В 2011 г. произошло объединения факультетов "К", "Б", а также Института финансовой и экономической безопасности и образован факультет "Кибернетика и информационная безопасность".

Структура подразделения включала 13 выпускающих кафедр, направленных на деятельность по становлению факультета ведущим научно-образовательным центром в области создания и кадрового обеспечения безопасных информационных технологий. В годы существования факультета "КиБ" был создан и успешно функционировал Молодежный Инжиниринговый центр (МИЦ).

Первым Деканом стал доктор технических наук Дворянкин Сергей Владимирович.

30 мая 2016 года на базе факультета "КиБ" был создан "Институт интеллектуальных кибернетических систем" (ИИКС).

Основной целью института является подготовка кадров, способных эффективно противостоять современным угрозам, обладающих знаниями в области кибернетики и информационной безопасности для решения задач разработки базового программного обеспечения.

В ИИКС каждый день работают над созданием и реализацией проектов в области научно-исследовательской деятельности и программ, направленных на профессиональное развитие обучающихся и сотрудников.